El Plenario constituye la asamblea general y es el órgano máximo del CIN. Según establece el artículo 8° de su Estatuto, algunas de sus atribuciones son:

-Definir y aprobar las políticas del Consejo.
 -Emitir opinión, a solicitud de cualquiera de sus miembros, respecto de la creación de carreras de grado o posgrado, que afecten la oferta educativa del sistema universitario.
 -Aprobar documentos que recojan la opinión de sus miembros respecto de los criterios a aplicar en las actividades de acreditación y evaluación de la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU), los que serán puestos a consideración de ésta.
-Aprobar convenios o acuerdos de interés interuniversitario, educativo, científico, cultural o tecnológico con entidades nacionales o internacionales, públicas o privadas.